『鋼鉄ジーグ』から50年後の2025年。九州全域は50年前に発生した謎のゾーンに覆われたままになっていた。その九州に近い下関にハニワ幻神（げんじん）が再び出現。草薙剣児は鋼鉄神ジーグのパイロットとなり